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Aidez la science avec Folding@Home

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Hors ligne saroumane # Posté le 06/01/2009 à 16:02:56 - Ce membre n'a pas mis de note
Super Chemist
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J'avais proposé une news quand la team est passée top 1000, on m'a répondu que top 1000 c'était pas crédible !!!

Je pensait en faire une lors du passage à la v6, mais vu que cette version n'apportait strictement rien à l'utilisateur (et en plus le viewver buggait), je ne l'ai pas fait. (et en plus j'était en plein exams).

J'hésite toujours à proposer une news pour mon propre tuto ! Je ne suis pas du genre à faire de la pub, donc j'attend d'avoir quelque chose de nouveau à dire pour proposer une news (du genre, un client XBox360 - on peux rêver non? - , un client GPU stable sous linux, une GROSSE découverte médicale -qui pourrait bien arriver prochainement- ...). Et j'attend le top 500 avec impatience !


Bref, concernant ton firewall, il faut bien comprendre que si ton firewall ralentit ta connexion, il est de sacré mauvaise qualité ! Un firewall est prévu pour filtrer, mais à ma connaissance aucun ne ralentit Internet de manière perceptible...
Je ne sait pas si les firewals affichent une alerte lors du premier lancement de FaH. Toi qui viens de l'installer, tu en a eu une ?

De plus, ce n'est pas un jeu vidéo : si tu perd quelques kbits/s, ce n'est pas trop grave, l'envoi durera à peine plus longtemps, c'est tout.

Bref, pas de panique !

Aider la science sans rien faire : le projet Folding@Home : TUTO DISPONIBLE
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Hors ligne Keor # Posté le 05/01/2009 à 22:28:15 - Ce membre n'a pas mis de note
Fuck a duck and try to fly
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Petite question : Le firewall ne ralentit-il pas le processus d'envoi ?
Hors ligne Keor # Posté le 05/01/2009 à 21:04:51 - Ce membre n'a pas mis de note
Fuck a duck and try to fly
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Exellent !

Ca mériterais d'être plus connu ce genre tuto :p =P Tu devrais voir si tu peut pas en faire une news sur le site du Zero. Bien que je visite le SDZ depuis 2 ou 3 ans je n'avais jamais fourré le nez dans la section "Divers" de "Bureautique", et je regrette d'ailleurs.

Bonne initiative.
Hors ligne loicsr # Posté le 06/12/2008 à 12:41:01 - Ce membre a mis la note : 19
Codeur for ever !
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Excellent tutoriel et excellente initiative ! ;) Je ne savais même pas que ça pouvait se faire :D
Je met un bon 19/20 ! :)
 
Hors ligne plebraly # Posté le 05/12/2008 à 18:20:24 - Ce membre a mis la note : 20
Planète Verte avance !
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Yes une mise à jour!

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Hors ligne globox # Posté le 30/09/2008 à 19:26:43 - Ce membre a mis la note : 20
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super simpa ;) merci de m'avoir fait découvrir ce log. J'espère être utile. :)
ma ps3 tourne aussi souvent dessus :D (sur la team sdz bien évidemment)
Hors ligne harcher81 # Posté le 25/09/2008 à 16:58:52 - Ce membre a mis la note : 18
Et oui, c'est moi
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Bon cela fait quelques temps que je connais et j'ai décidé d'y participer (avec la team du sdz). Tutoriel intéressant, mais tu devrais le séparé en un bigs tuto avec d'un côté linux, l'autre windows, ce serait plus clair. Mai reste que le tutoriel est très complet (voir trop pour un mini-tuto).

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Hors ligne plebraly # Posté le 24/09/2008 à 16:14:50 - Ce membre a mis la note : 20
Planète Verte avance !
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magnifique. je l'utilise depuis quelques temps

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Hors ligne RastaXav # Posté le 24/09/2008 à 16:07:47 - Ce membre n'a pas mis de note
Peace....
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je participe Avec ma Grosse carte Graphique, et mon double processeur ;)
Team sdz ossi .
je suis déja 150eme sur 500 des SDz ;)
quel est le lien du forum sur folding@home Team sdz :) Merci
Coordialement
XAv

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Hors ligne Lenezir # Posté le 08/09/2008 à 23:51:49 - Ce membre a mis la note : 20
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Excellente initiative ! :p

Avec GNU/Linux, devenez libre !
Pourquoi vous devriez passer sous GNU/Linux : http://www.whylinuxisbetter.net/index_fr.php
 
Hors ligne arth78 # Posté le 27/08/2008 à 22:35:31 - Ce membre n'a pas mis de note
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Très bon Tuto 19/20

Ps : Avec ma carte graphique et le client GPU je fais du 300 ns par jour :p
Hors ligne saroumane # Posté le 15/08/2008 à 23:31:08 - Ce membre n'a pas mis de note
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Des erreurs je veux bien, mais il faudra que tu me dise où elles sont !!!

Je suis avant tout windowsien, donc pour moi linux c'est (presque) du chinois ! J'ai testé tout ce que j'ai dit dans mon tuto, donc a priori ce n'est pas complètement faux, mais n'hésite pas à être plus constructif dans tes commentaires ! ;)

@+

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Hors ligne destini # Posté le 13/08/2008 à 17:59:14 - Ce membre a mis la note : 20
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Citation : Saroumane
Je commence par stopper les deux clients que j'avais lancé, faute de mieux, sous les terminaux Ctrl+Alt+F1 et Ctrl+Alt+F2. Puis je crée un nouveau dossier dans mon home que je nomme très exactement ~/foldingtathome (sous gnome ou kde c'est très facile, à la souris, via un clic droit.). Enfin, je déplace mes dossiers folding1 et folding2 dans le dossier foldingathome (glisser-déposer, très facile là aussi à la souris ! ) et je les renomme en CPU1 et CPU2.

et
Citation : Saroumane
Enfin, vous pouvez annuler la mise en service par la commande
Code : Console
cd ~/foldngathome
./uninstallService


N'y aurait-il pas des erreurs (partie linux)?
Au risque de me répéter : très bon tuto.

Quand je partirai j'aurais tout au plus quelques regrets pour l'informatique.
 
Hors ligne saroumane # Posté le 02/08/2008 à 10:08:31 - Ce membre n'a pas mis de note
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Oui, à condition de faire attention aux MachineID.

Les auteurs du logiciel nous conseillent de garder un coeur physique pour le client carte graphique.

Donc avec un dualcore, tu peux mettre 1 CPU + 1 GPU
Avec un quad core, tu peux mettre 3CPU+1GPU ou 1SMP+1GPU
Etc...

Stanford viens de sortir plein de clients en v6, je suis en train de les tester en vue de modifier mon tuto. Il est donc possible que les options ne soient pas tout à fait les memes que dans mon tuto actuel. Mais avec un peu de logique, tu devrai pouvoir t'en sortir.


@+

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Hors ligne dimdam # Posté le 02/08/2008 à 09:45:59 - Ce membre a mis la note : 20
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Très bon tuto :)

Est ce que l'on peut cumuler un client GPU et un client CPU ?
Hors ligne saroumane # Posté le 29/07/2008 à 16:57:55 - Ce membre n'a pas mis de note
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C'est vrai que c'est pratique, mais il faut juste penser à lancer la tâche au démarrage de l'ordi... On s'en lasse vite !

Tu verra, tu finira par l'installer en tant que service (d'autant que n'importe qui qui aurait accès à ton ordi peux faire C+A+F1, stopper le client, et être ainsi connecté sous ton compte, sans connaitre ton mot de passe!), c'est tellement plus pratique!

@+

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Hors ligne éléPHPant # Posté le 29/07/2008 à 16:01:29 - Ce membre a mis la note : 20
l'éléPHPant vous aura
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Moi je ne connaissais pas, mais je connaissais déjà seti@home.

Par contre, j'ai installé le système différemment avec Linux.

Le truc bien avec Linux, c'est la tache de fond avec Ctrl+Alt+F[1-6/8] !


Merci beaucoup

PS : Je me suis mis dans la team du SdZ :p

Geek et fier de l'être :magicien:


 
Hors ligne saroumane # Posté le 24/07/2008 à 18:56:53 - Ce membre n'a pas mis de note
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Ah ouais, conditionnel présent, pas faux. Je m'en occupe de suite. Merci

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Hors ligne C0c0 # Posté le 24/07/2008 à 18:49:10 - Ce membre n'a pas mis de note
Ca y est j'ai une citation !
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La version 6, encore en beta aujourd'hui, devrais résoudre ce problème.
Hors ligne saroumane # Posté le 22/07/2008 à 18:50:55 - Ce membre n'a pas mis de note
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Non.

Une WU linux doit être calculée uniquement sous linux. Le client et les cores sont des exécutables linux, la WU est conçue pour tourner sous linux.

Une WU windows doit être calculée sous Windows. Le client et les cores sont des exécutables windows (ce ne sont donc pas les mêmes). La WU doit donc être exécutée sous Windows.

Vijah Pande a bien expliqué sur le forum que les WU ne sont pas exactement les mêmes, et les fichiers temporaires créés dans le dossier work ne sont pas exactement dans le ^meme format...

Tu peux bien évidement installer dans deux dossier différents les deux versions, qui contiendrons chacune leur propre WU. Il faut alors faire tourner chaque client comme je l'ai expliqué dans le message prcédent. Mais est-ce bien utile? Il est plus simple d'installer chaque version directement sur le disque dur de chaque ordi, non? C'est toi qui voit.

@+

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Hors ligne Xaviou # Posté le 22/07/2008 à 18:38:57 - Ce membre a mis la note : 18
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Merci pour les précisions.
Pour les pseudos, je préférais demander, comme on voit plusieurs fois le même pseudo (mais avec un numéro de team différent à chaque fois).

Sinon, encore une petite question, et après je te laisse tranquille : penses-tu qu'il est possible (sur clef usb, par exemple) de faire calculer une même WU par le client Windows et Linux.
Je m'explique :
  • je suis au boulot : je laisse tourner le client console Windows en tâche de fond
  • le soir, j'arrive chez moi, je lance le client linux qui continuerait éventuellement le travail déjà effectué la journé

Enfin, c'est juste pour savoir si ça marcherait : sinon, il suffit de créer deux dossiers sur la clef usb et faire travailler les différents clients chacun leur tour avec leur propre travail.

@+
Xav'

Le portail francophone dédié à wxWidgets : wxDev-fr
 
Hors ligne saroumane # Posté le 22/07/2008 à 18:07:03 - Ce membre n'a pas mis de note
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Magiccerbere : A priori, si tu es sous Linux, tu ne peux pas utiliser le client GPU. La température du GPU n'est donc pas vraiment utile.

Le client Linux (version 6) utilise le processeur, donc il faudrait que tu trouves la température du CPU. Je ne sait pas du tout ce que peux être le mu-p que tu indique, je te conseille de chercher dans l'aide de ton logiciel. (RTFM ! lol).

En ce qui concerne les températures max, tant que ça ne fume pas c'est bon. Après question de bon sens, moi je trouve qu'un CPU à 70°C c'est trop. Je placerai la limite à 55° / 60° vu que c'est un portable, mais question de feeling... Si le ventilo tourne à fond en permanence, et si tu ne peux pas le poser sur tes genous, c'est trop chaud ! Mais là c'est toi qui voit ! Folding sur un portable c'est pas trop top...


Xaviou : C'est simple, chaque client apporte son lot de points au pseudo et à la team pour lesquels il est configuré. Quels que puissent être les autres clients, qu'importe si le pseudo est le tiens, celui d'un pote, d'un voisin, d'un inconnu...

Donc tu trouves un pseudo inutilisé via le champ de recherche de la page de téléchargement.
Tu configures TOUT tes clients avec ce pseudo et la team de ton choix.
Et tout les points engrangés par ces clients iront dans les stats de ce pseudo.

Donc si deux personnes ont par hasard le même pseudo (le deuxième n'a pas vérifié la disponibilité de son pseudo...), il n'y aura qu'un seul pseudo sur la page de stats (logique) qui aura les points des deux personnes. Cela dit, il y a peu de chances que ces deux personnes aient la même team, donc les deux team s'afficheront sur la page de stats du pseudo, ce qui devrai mettre la puce à l'oreille des deux personnes (ainsi que le compteur de CPU de la page de stats...).

Et si tu installes deux clients sur deux ordis différents (famille, travail...) avec même pseudo et même team, les points s'additionnent pour le pseudo et pour la team (logique quoi !). Et le compteur de cpu te dira combien de clients sont configurés à ton pseudo...


Le UserID est différent pour chaque ordi, le MachineID doit être différent pour chaque client d'une même machine.
Donc si tu as 1 client par ordi, il n'est pas nécessaire de modifier le MachineID vu que le UserID sera différent.


Enfin, concernant la clé USB, ça marchera sous linux. Sous windows, le client devra TOUJOURS être utilisé avec le flag -local (pour que les configs soient stockées dans le dossier USB), et le client refusera de se lancer si l'ordi n'a pas accès à l'internet (car le UserID est stocké dans le registre et pas sur la clé. Aucun moyen ne permet de passer outre...). Il faut bien évidement oublier le service dans ce cas...
Il peux donc être utile de créer un raccourci sur la clé USB pour ne pas oublier le flag.

Et bien évidement, un client Linux sur USB ne tournera que sous linux, un client Windows que sous Windows...


Je vais peut être modifier un peu mon tuto au sujet du pseudo...


Merci de l'intérêt que vous portez à la science !

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Hors ligne Xaviou # Posté le 22/07/2008 à 17:04:53 - Ce membre a mis la note : 18
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Tutoriel clair et précis.

Il aurait quand même été sympa de parler de la méthode à suivre dans le cas où on veut faire travailler plusieurs machines physiques :
  • l'ordi personnel (voir les ordis personnels)
  • celui du travail (avec l'accord du patron, bien entendu)
  • ...

Parce que là, on ne sait pas trop si les différents travaux seront tous assignés au même compte utilisateur (étant donné que malgré la vérification possible, il peut y avoir plusieurs utilisateurs avec le même pseudo).
Est-ce que le fait d'utiliser la même paire pseudo/team assure que l'on travaille sous le même compte ?

Autre petite question : si j'installe la version console sur une clef usb et que je la trimballe sur différents ordis, ça va marcher ? (a priori, je pense que oui, mais je préfère demander...)

En tout cas, merci pour le tuto : 18/20

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Hors ligne magiccerbere # Posté le 22/07/2008 à 15:48:21 - Ce membre a mis la note : 20
La liberté vaincra!!
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yep,


on m'a indiqué un logiciel pour la temperature.
Maintenant, question:

sa indique le GPU (c'est la carte graphique, c'est sa?) et le up (avec le u grec, j'ai oublié comment s'appelle la lettre...).
Quel sont les température maximum avant que sa racourcis la durée du vie d'un ordinateur portable???

Merci (j'ai rien trovué de précis sur internet)
Hors ligne magiccerbere # Posté le 21/07/2008 à 12:57:34 - Ce membre a mis la note : 20
La liberté vaincra!!
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salut,

bin pour Wine, c'est pas un émulateur, mais pour moi c'est pareil, alors... okok je me tait!!
Et je l'ai mis avec Wine parce que..euh... j'était fainéant ce jour la, et que j'avais pas envie d'ouvrir ma console!
Mais je vais voir avec la version de Gnu/Linux
Hors ligne saroumane # Posté le 21/07/2008 à 10:54:06 - Ce membre n'a pas mis de note
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Houla, avant qu'un linuxien intégriste passe par là, je te signale que Wine n'est pas un émulateur !!!

Bref (et megaLOL comme disent les jeunes), la version linux n'est pas plus compliquée à utiliser que la console sous windows !!! Le client est même stable en version 6 !
Je pense que tu as perdu plus de temps à passer par wine qu'à lancer la console sous linux ! Et sans parler des performances qui doivent être à s'arracher les cheveux, non ? Tu dis toi même que ça rame, en plus. Passe sous le client linux, voyons !!!

Pour lancer le client linux, met le dans un dossier, puis fait chmod +x fah6.exe pour avoir les droits d'exécution. (à faire une seule fois)

Ensuite lance le : fah6.exe

Un conseil, lance le dans une console plein écran (ctrl alt F1...) pour être tranquile, sinon tu ne pourra pas fermer le terminal !

@+

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Hors ligne magiccerbere # Posté le 21/07/2008 à 00:25:46 - Ce membre a mis la note : 20
La liberté vaincra!!
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yop,


Alors voila, je tourne sous Gnu/Linux, j'utilise le logiciel a partir de wine (donc en émulation...)(wine permet de faire tourner des logiciels windows sous Gnu/Linux). J'avais telechargé la version windows car la version pour Gnu/Linux me parraissait trop ch*** a installer ;)
Pour la température, je vais voir dans les dépots.

Et encore bravo pour le tuto!
Hors ligne gouttegd # Posté le 20/07/2008 à 21:30:48 - Ce membre a mis la note : 18
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Citation : Saroumane
Mais le but n'est pas de connaitre la forme de la protéine, mais le cheminement qui la mène à cette forme...

Précisément. L'espoir, c'est que si on parvient à comprendre exactement comment une protéine se replie (ce que devrait permettre, à terme, F@H), on devrait pouvoir se servir de cette compréhension pour prédire relativement « facilement » la structure de n'importe quelle protéine, sans avoir à passer systématiquement par des procédés expérimentaux longs, difficiles et coûteux.

Alors certes, pour l'instant déterminer la structure d'une protéine par F@H est à peu près aussi long que par diffraction aux rayons X, mais la différence c'est que les résultats obtenus peuvent servir à l'étude d'une autre protéine. Alors qu'une fois que tu as obtenu la structure d'une protéine par crystallographie, si tu veux étudier une autre protéine il faut repartir de zéro...

Citation : Saroumane
Tu connait d'autres methodes "plus légères" qui permettent d'établir la structure tridimentionelle d'une protéine ?

Il y a aussi la résonance magnétique nucléaire. Ça reste assez lourd, mais c'est un peu plus facile que la diffraction aux rayons X (en particulier parce qu'il n'est pas nécessaire d'obtenir un crystal de la protéine à étudier). Jusqu'à présent, ce n'est toutefois réellement applicable qu'aux petites protéines (ou à des fragments de protéines plus grosses).

Citation : Saroumane
mais ce n'est pas vraiment ça le sujet de mon tuto, hein !

Oui, je sais bien. :) Et je sais aussi que la vulgarisation scientifique est un art très difficile (on sous-estime souvent sa difficulté d'ailleurs). C'est toi l'auteur du tuto, je te laisse décider de ce dont tu souhaites parler et jusqu'à quel point tu veux l'expliquer. ;)

« Je vous aiderai si vous me promettez d'aider quelqu'un d'autre en retour. » --- Anonyme
« Soyez vigilant lorsque vous vous exprimez dans un forum électronique. Vos fautes de frappes et de syntaxe vous poursuivront pour l'éternité. » --- Linus B. Torvalds

http://fr.hypo-theses.com/
 
Hors ligne saroumane # Posté le 20/07/2008 à 14:05:05 - Ce membre n'a pas mis de note
Super Chemist
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Groupe : Membres
Bon, dans l'ordre :

Magiccerbere> Je n'ai pas trop compris ce que tu veux dire !
Tu est sous windows, et tu l'exécute dans une VM pour ne pas avoir besoin de l'installer ??? (je l'ai dit, j'ai rien compris ! ). Dans ce cas ça ne doit pas aller bien vite !

Pour se renseigner sur la température, il existe par exemple SpeedFan sous windows (recherche google pour le télécharger)

Si par contre tu es sous Linux en natif (mais alors c'est quoi "installé en émulation" ?), je suis persuadé qu'il existe des tonnes de logiciels dans les dépots qui te donneront ces infos...

Pour plus d'infos, merci de m'expliquer clairement sous quel OS tu tournes ;) .


frankdu74> Pour ton lien, les température "amd" sont des températures maximales !!! Il est bien évident que JE DECONSEILLE A QUICONQUE d'utiliser un proco à 95°C, même si c'est un amd !


gouttegd> Merci pour ta remarque. Quand je serai plus avancé dans mon cursus, j'aurai bien plus d'informations à ce sujet, là j'ai simplement voulu faire le malin en citant cette methode ^^. lol.
Bref, je voulais quand même te dire que la simulation via fah prend elle aussi beaucoup de temps ! Avec des WU de 15 jours, et une petite 100aine de générations, ça nous fait... 50 mois, soit... plus de 4 ans !!!
Mais le but n'est pas de connaitre la forme de la protéine, mais le cheminement qui la mène à cette forme...

J'ai mis un lien vers wikipédia, je changerai peut être un peu la phrase la prochaine fois que je modifierai mon tuto, mais ce n'est pas vraiment ça le sujet de mon tuto, hein !

Tu fais de la biologie ? Tu connait d'autres methodes "plus légères" qui permettent d'établir la structure tridimentionelle d'une protéine ? Parce que mes profs sont en vacances, donc je n'aurai pas de réponse avant septembre !


Merci à tous

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Hors ligne gouttegd # Posté le 20/07/2008 à 13:11:40 - Ce membre a mis la note : 18
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Groupe : Membres
Très intéressant (bon je connaissais déjà, mais ça n'enlève rien au mérite du tuto, au contraire).

Une simple suggestion (c'est pour ça que je poste en réalité) : dans ce passage
Citation : tuto
Mais à quoi ça sert de simuler ce pliage? Il suffirait de regarder avec un microscope quelle forme a la protéine, non ?

Oui, bien sûr (sauf qu'on utiliserait une technique de diffraction aux rayons X au lieu d'un microscope).

je pense qu'il pourrait être utile de préciser que si la diffraction aux rayons X permet, certes, de déterminer la forme d'une protéine, c'est une technique particulièrement lourde et difficile (il faut des mois, voire des années, pour obtenir une structure de cette façon).

Pas la peine d'entrer dans les détails bien sûr (on est sur un site d'informatique ^^ ), mais juste ce qu'il faut pour expliquer un peu plus l'intérêt de F@H. ;)

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